ค่าธรรมเนียมการจดทะเบียนขายฝาก จะแตกต่าง จากจำนองมาก กล่าวคือ ในการจดทะเบียนขายฝาก จะต้องชำระค่าธรรมเนียมเป็นค่าจดทะเบียนขายฝาก ในอัตราร้อยละ2 ของราคาประเมินทุนทรัพย์ ตามที่คณะกรรมการฯกำหนด
นอกจากนี้ยังต้องชำระภาษีเงินได้หัก ณ ที่จ่าย และอากรแสตมป์ตามประมวลรัษฎากรอีกด้วย
ส่วนการจดทะเบียนจำนอง จะเสียค่าธรรมเนียมเพียงร้อยละ 1 ของจำนวนทุนทรัพย์ที่จำนอง อย่างสูงไม่เกิน 200,000 บาท หรือกรณีจำนองสำหรับการให้สินเชื่อเพื่อการเกษตรของสถาบันการเงินที่รัฐมนตรีกำหนด จะเสียค่าธรรมเนียมร้อยละ 0.5 อย่างสูงไม่เกิน 100,000 บาท
นอกจากนั้นการจำนอง ไม่ต้องเสียภาษีเงินได้หัก ณ ที่จ่าย สำหรับอากรแสตมป์ พนักงานเจ้าหน้าที่จะเรียกเก็บต่อเมื่อ ผู้จำนองและผู้รับจำนองตกลงกันให้ถือเอาสัญญาจำนองเป็นหลักฐานการกู้ยืมเงิน
